「Shortcodes for DigiPress」ではtableなどネストした複雑なショートコードもあるため、実行する前に一旦記事またはテキストウィジェットの内容をすべて取得し、ショートコード名の重複を含めあらゆる事前チェックを行い、do_shortcode関数を利用して置換したコンテンツをWordPressに返しています。
このプラグイン側で実行している do_shortcode 関数によって「SyntaxHighlighter Evolved」では該当の状況になるようです。
しかし、「Shortcodes for DigiPress」側の do_shortcodes関数の実行を「SyntaxHighlighter Evolved」の有無によって制御してしまうと逆に「Shortcodes for DigiPress」のショートコードが正常に動作できなくなります。
恐れ入りますが、「SyntaxHighlighter Evolved」ではなく別のシンタックスハイライト用プラグインをご利用ください。
「SyntaxHighlighter Evolved」よりも軽量で柔軟性のある「Crayon Syntax Highlighter」というプラグインをおすすめします。
●参考:
Crayon Syntax Highlighterでソースコードをキレイに編集する設定方法
https://wordpress.org/plugins/crayon-syntax-highlighter/