pjax(非同期通信ページ遷移) を有効にした場合、head要素とサイトのフッターエリアのソースは更新せず、コンテナエリアのメインコンテンツのみを更新し、ページ遷移を高速にします。
この場合、head要素内、またはサイトのフッターエリアや</body>直前に挿入されている JavaScript は、pjax によるページ遷移時には実行されないため、該当箇所に挿入されている JavaScript に依存するコンテンツが正常に処理されません。
テーマなどの既知の JavaScript や、Google Analyticsのコード、その他検知できた script タグは、極力テーマ側で pjax でのページ遷移後に再度実行するよう配慮していますが、すべてのスクリプトの動作の再実行を保証することができません。
したがいまして、記事内などのコンテナエリア内に設置している「独立した」JavaScript(アドセンス広告)については pjax でのページ遷移時にも表示されますが、コンテナエリア以外にある JavaScript と連携するようなコンテンツについては動作を保証できないため、pjaxは無効にしてください。