繰り返しになりますが、要は単純にHTMLタグとスクリプトが解釈されれば問題はないため、scriptタグであろうがnoscriptタグであろうが、body内であれば問題ありません。
head内、bodyタグ開始直後でないと動作しないというわけではありません。
「アクセス解析コード設定」に指定されたテキストは、すべて</body>
の前に挿入されます。
ここには、Google Analyticsなどの解析コードを1つしか設置できない、などの制限も一切ありません。
head内に定義する必要がある場合(metaタグ、linkタグなど)は、「HTMLヘッダー設定」の「<head>~</head>内のユーザー定義」に指定してください。