WordPress管理画面にてショートコードを実行する必要がないため、安全のためそのような制御をしておりますが、特にこの条件を変更することで致命的な問題が必ず発生するわけではありません。
個別のイレギュラーな要件に対して、テーマ自体の仕様を元から変更することはできませんので、お客様自身でテーマファイルを必要に応じて改変(実行条件の解除)を行ってください。
ただし、様々なプラグインや機能を利用されることで何らかの不具合が発生する可能性はゼロではありませんので、それを踏まえた上で改変を行ってください。
なお、テーマファイルを直接編集された場合は、アップデート時にすべてリセットされますのでご注意ください。