詳細や要因が全く分かりませんので、対象サイトやページのURLをご提示ください。
なお、テーマのアップデートに起因する問題とは考えにくく、一旦すべてのプラグインを停止して何か不具合を引き起こしているプラグインがないか要因を調査してください。
ある時点から一部のレイアウトが崩れるような場合は、記事本文やウィジェットで何らかの自前のHTMLを指定している部分にHTMLタグのとじ忘れがないかをよくお確かめ下さい。
また、「リンクが”#”」とは、具体的にどこのリンクがどういう状態ということでしょうか。
「海外製プラグイン」とは具体的にどのようなプラグインなのでしょうか。
「パンくずリストのHTML検証が出来てない」とはどういう意味でしょうか。DigiPressのパンくずリストはMicrodataフォーマットで出力され、検索結果にも反映されます。
また、仮にMicrodataの検証結果として正しくない場合があったとしても、根本的にご報告いただいたような表示上の問題とは全く関係はありません。
一度、以下のトラブルシューティングの内容もすべてお試しください。
トラブルシューティング