frescoに変えるまではMagjamを使用していましたが一度もこのようなメッセージが出たことはありませんでした。
まず、frescoからはすべてのテーマオプションはWordPressのカスタマイザー機能に移行されているため、専用のテーマオプション画面を持つMAGJAMとは全く構造が異なり、比較対象ではありません。
公開サイト上では問題がなく、カスタマイザーのプレビューでのみ 503 エラー画面が表示される場合は、根本的にサーバー側の環境の問題や付随してプラグインの状況(機能、数、稼働環境)も関連しうることですので、テーマのみの問題として扱うべきではありません。
まずは以下をご確認ください。
・一旦すべてのプラグインを停止してみる
・他のカスタマイザー対応のテーマで問題がないか確認する
・他の適当なテスト環境がある場合、その環境でfrescoのカスタマイザー画面を開いた際には問題がないか
・サーバー上のエラーログを確認する
→確認方法が不明な場合は、ご利用のホスティングサービスのサポートにログの開示と該当時間帯の負荷状況についてお問い合わせください。