「チェックツール」というもので調査した具体的な箇所が不明ですが、SNSなどの一部アイコンリンクはアイコンだけを表示し、そのサービス名のspan要素は不要であるため display:none;
などで非表示にしている部分があり、これをそのコンテンツの意味合いは判断できない「チェックツール」というものが片っ端から display:none; や opacity:0;、 text-indent:-9999px; などのCSSを単純なロジックで「隠しリンク」と判定しているだけではないでしょうか。
ロジックの見えない汎用的な第三者サービスの性能をあまり過信する必要はないと思いますが、このアイコン関連の箇所を判定しているのであれば、全く問題に値しません。